První prostory suché části Punkevních jeskyní (PJ) - Přední dóm a z něj sestupná chodba vyplněná sedimenty - byly objeveny 26. září 1909. Další části suché větve objevili průzkumníci v letech 1910 až 1914. Suchá část byla se dnem Macochy propojena 30. ledna 1914. První prostory vodní plavby byly objeveny po postupném odstřelu ve vývěru Punkvy 24. září 1920. Následně tým Karla Absolona odkryl další části proti proudu směrem k Macoše a také suché Pohádkové jeskyně s Masarykovým dómem. 30. března 1921 byla zpřístupněna tato část turistům na člunech. V dalších letech pokračoval postupný výzkum podzemního toku směrem k Macoše. Poslední překážka, Zlý sifon, byla překonána 5. února 1933. Strop systému v plavební hladině normálního vodní stavu byl sestřelen a od 1. července 1933 začaly klasické prohlídky s celou vodní plavbou.

Lodě byly nejprve dřevěné, v počátcích odpichované vesly. "Později už byly kovové a získaly motor, vzhledem k nutnosti ochrany přírody poháněný elektřinou. Baterie se musí přes noc nabíjet," popisuje vedoucí Punkevních jeskyní Hynek Pavelka. Mnoho let musel na přídi kromě kapitána sedět ještě lodník s bidlem, který lodě v zatáčkách usměrňoval. V 80. letech získaly lodě dokormidlovávací zařízení, takže na obsluhu stačí jeden člověk. "Donedávna byla legislativa tak přísná, že kapitáni potřebovali stejně dlouhou praxi jako pro velké lodě na Labi či Rýně," přibližuje Pavelka.

Motorová plavba v přírodních jeskyních je v celé kontinentální Evropě kromě "Punkevek" pouze ve slovenské Domici. V jeskyních Francie, Belgie, Itálie či Řecka jsou výletní lodičky poháněny bidlem či odrážením od stropu.

Opotřebované lodě sloužící každodenně od roku 1981 vystřídalo v roce 2017 pět nových sedmimetrových lodí se jmény Absolon, Balcarka, Morava, Punkva a Wankel. V roce 2018 přibylo dalších pět - Blansko, Kateřina, Macocha, Schopper, Svitava. Kapacitu mají stejně jako jejich předchůdkyně 18 cestujících.

V roce 1995 výrazně zjednodušila cestu od Horního můstku propasti Macocha ke vstupu do jeskyní visutá lanovka nad Pustým žlebem. V letech 2013-14 prošla úpravami návštěvnická trasa suchou částí jeskyní, aby byla lépe dostupná pohybově handicapovaným. Novou vstupní provozní budovu získaly jeskyně v letech 2014-15. "Nyní se připravuje modernizace elektroinstalace, ale termín bude záležet na tom, jak se podaří najit finance," přibližuje další plány vedoucí Správy jeskyní Moravského krasu Jakub Gabriš.

V létě jsou Punkevní jeskyně otevřeny od úterý do neděle od 8:20 do 16:00, v pondělí od 10:00. Celá otevírací doba, příjezd i možnosti parkování jsou popsány na webu punkevni.caves.cz. O víkendech a o prázdninách je třeba si prohlídku kvůli vysokému zájmu návštěvníků rezervovat předem přes informační centrum na Skalním Mlýně nebo si koupit online vstupenky na některou z vybraných prohlídek nabízených na webu.

Punkevní jeskyně si prohlédne ročně kolem 200 tisíc lidí. V obou covidových letech to bylo kvůli zavření v jarním měsícům po 118 tisících návštěvníků, v roce 2022 se ale počet příchozích zvýšil na 188 tisíc.